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OMEGAPLUS奥鲑冠(omegaplus奥鲑冠***)
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本文目录一览:
- 1、群体进化选择消除分析
- 2、群体选择信号分析
群体进化选择消除分析
负选择(negative selection):指群体中出现有害突变等位基因时,携带该等位基因的个体会因为生存力或育性降低而从群体中淘汰,也叫净化选择。
群体进化分析入门必名词解释 (出处: 生信技能树)在一个群体中,某类等位基因占该基因位点上全部等位基因数的比率。群体中某一基因型个体占群体总个数的比例。可以反映某一基因型个体在群体中的相对数量。
群体选择分析是在群体水平在基因组不同区域遗传多样性的差异。
现代综合进化论彻底否定获得性状的遗传,强调进化的渐进性,认为进化是群体而不是个体的现象,并重新肯定了自然选择的压倒一切的重要性,继承和发展了达尔文进化学说,能较好地解释各种进化现象。
●LD衰减分析的应用 评估群体特性和选择强度:驯化选择会导致群体遗传多样性下降,位点间的连锁程度更高。所以,通常驯化程度越高选择强度越大的群体,LD衰减速度也越慢。例如商品化群体比自然群体通常更大的LD衰减距离。
有强调绝灭率之差的模式,有强调群体增殖率之差的模式。有的认为雌雄选择为群体选择之一,也有的认为群体选择这一术语,只有当群体作为繁殖群体部分地被隔离的情况下,才能适用。
群体选择信号分析
1、其中,θπA和θπB分别代表A群体和B群体的θπ值。θπ比率大于1, 反映A群体的基因组杂合度大于B群体的杂合度,则B群体相应基因组区域受到选择。
2、前提:染色体要有重组!Y和W染色体不能用这种方法 本文只写两个群体之间的单倍型选择信号检测,单个群体内部的不写,但是rehh也可以做,很方便 rehh是一个R包 第一列个体名,后面每一列一个SNP。
3、多样性水平在亚群间比较,一般包括线性相关分析、亚群体间的差异比较两类。动植物重测序多是后者。Fst/pi ratio基于pi值。前面pi/fst等都是基于SNP位点的多态性来检测潜在的选择信号区域。
4、XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(multilocus allele frequency differentiation)建立模型,使用布朗运动来模拟中性下的遗传漂移,并使用确定性模型来近似地对附近的单核苷酸多态性(SNPs)进行选择性扫描。
5、负选择会对正选择有一定的干扰作用,都能产生大量的低频突变,但是正选择会产生相对较多的高频突变。多样性水平在亚群间比较,一般包括线性相关分析、亚群体间的差异比较两类。动植物重测序多是后者。Fst/pi ratio基于pi值。
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